Magicfolderにてネットワーク上のフォルダへアクセスするには、Windowsサービス(Create!Form Commons Container Service V12/V11)のログオン設定が必要になります。（参考FAQ）
ただし、上記サービスに設定できるログオンアカウントは一種類のみです。
そのため、複数のネットワークフォルダにアクセスする場合は、全てのアカウント名を統一する必要があります。アカウント名を統一することで複数のネットワークフォルダへのアクセスが可能となります。
※なお、ネットワーク上のフォルダへの参照はUNC形式で記載する必要があります。