MagicfolderのPDF出力は高速で出力されるため、ファイル名に日付(時分秒)を付与してもタイミングによっては同一ファイル名になってしまうことがあります。
これは、Magicfolderで付与できる時刻は、「秒まで」となっているため、1秒以内に作成されたPDFファイルは全て同一のファイル名になってしまうためです。
※[ミリ秒]の内部変数は用意しておりません。

回避策としては、以下の方法が考えられます。

①CSVを投入するタイミングをずらす方法
　上位で監視フォルダに投入するタイミングを数秒ずらして投入してください。
②手動でwaitをかける方法
　「フィルタ(ファイル検知時)」に下記コマンドを登録します。
　　　　cmd.exe /c Ping -n 2 localhost > null
　　※2秒waitしてから処理を実施するコマンドです。

このフィルタコマンドにより、同一監視フォルダに限り、同１ファイル名のPDFが作成されることは無くなります。