以下の手順で実現可能となります。

1．Magicfolderの監視フォルダ設定
監視フォルダの設定「ルール」タブで以下の設定をします。

・「ファイル先頭行からパラメータを取得」を有効にする。
・1行目の設定を、「[実行オプション]追加オプション」にする。

2．データファイル
帳票資源の構成が「FormA」、「FormB」、「FormC」であり、データファイルが「A.csv」「B.csv」「C.csv」のデータを利用する場合、出力するFormの組み合わせによってデータファイルを以下のように定義します。

1)FormAのみ出力する
　投入するCSVファイルの先頭を1行空け、2行目から"FormAのデータ"を記述します。
　---------------------------------
　(空行)
　FormAのデータ
　---------------------------------

2)FormBのみ出力する
　投入するCSVファイルの先頭に数字の"0"を記述し、2行目から"FormBのデータ"を記述します。
　---------------------------------
　0
　FormBのデータ
　---------------------------------

3)FormCのみ出力する
　投入するCSVファイルの先頭に数字の"0 0"を記述し、2行目から"FormC"のデータを記述します。
　---------------------------------
　0 0
　FormCのデータ
　---------------------------------

4)FormA、FormBを出力する
　予め、任意のディレクトリに「A.csv」を配置しておきます。
　投入するCSVファイルの先頭に"A.CSVのファイルパス"を記述し、2行目からFormBのデータを記述します。
　---------------------------------
　A.CSVのファイルパス
　FormBのデータ
　---------------------------------

5)FormA、FormCを出力する
　予め、任意のディレクトリに「A.csv」を配置しておきます。
　投入するCSVファイルの先頭に"A.CSVのファイルパス"、及び数字の"0"を記述し、2行目から"FormCのデータ"を記述します。
　---------------------------------
　A.CSVのファイルパス 0
　FormCのデータ
　---------------------------------

6)FormB、FormCを出力する
　予め、任意のディレクトリに「B.csv」を配置しておきます。
　投入するCSVファイルの先頭に数字の"0"、及び"B.CSVのファイルパス"を記述し、2行目から"FormCのデータ"を記述します。
　---------------------------------
　0 B.CSVのファイルパス
　FormCのデータ
　---------------------------------
上記方法により、任意のレイアウトのみ出力することが可能になります。

※数字の"0"は、フォームの出力をスキップする意味になります。例えば、「0 B.CSVのファイルパス」の場合、FormAはスキップされます。