「指定文字」によるユニットを切り替えることで可能です。
スタイルファイルを帳票種別「マルチフォーム」で作成し、各ユニットが使用する給紙トレイを指定します。ランタイム実行時にデータファイル中で使用するユニットIDを指定することで、ユニットIDに登録されている給紙トレイを使用して印刷します。

設定概要は以下のようになります。

Formファイル、Datamapファイルを次のように作成します。
・通常印刷用のフォーム(トレイ1印刷用)
・データ区切り用のフォーム(トレイ2印刷用)
※このファイルはダミーのような扱いになります。日付変数、ページ変数などを置くだけでかまいません。

スタイルファイル(ジョブファイル)を「マルチフォーム」で作成し、ユニット切替は「指定文字」を選択します。各ユニットへは次のように登録します。

登録例
　・ユニットID：001：通常印刷用フォーム、トレイ1指定(通常用紙をトレイにセット)
　・ユニットID：002：データ区切り用フォーム、トレイ2指定(色紙をトレイにセット)

上記の場合、データファイル中で「改ページコード もしくは 改ページ文字」の後に「@xx」(xx:ユニットID)と記述することで、指定したユニットへ切り替えます。
そのため「@2」とデータがあると「ユニットID：002」のフォームを使用して印刷します。
「ユニットID：002」はトレイ2を指定しているため、データ区切り用の用紙(色紙)により印刷されます。データファイルのイメージは以下のようになります。
---CSV---
Unit001 (使用するユニット：1)
#
Unit001 (使用するユニット：1)
#@2
Unit002 (使用するユニット：2)
#@1
Unit001 (使用するユニット：1)
#@1
Unit001 (使用するユニット：1)
#@2
Unit002 (使用するユニット：2)
---------
※上記「#」は改ページコードを表現しています。

なお、Ver.8.2以降では同様なユニット切り替えが「フォーム名」でも可能です。ユニット切り替えに関する詳細については下記PDFマニュアルをご参照ください。

Ver.10～Ver.12
マニュアル：「3.機能リファレンス」
項目名　　：「3.5：改ページとフォームの切り替え」-「マルチフォームの概要」

Ver.9
マニュアル：「機能リファレンス」
項目名　　：「第5部 フォームとページの切り替え」 - 「第2章 マルチフォーム」 - 「5-2-3. データソースが一つの場合の
　　　　　　　マルチフォーム」

Ver.8
マニュアル：「機能・オブジェクトガイド」
項目名　　：「第3部 マルチフォーム」 - 「第1章 マルチフォーム」 - 「データソースが一つの場合のマルチフォーム」